PONTE:n toiminta jakautuu kolmeen toisiinsa liittyvään tutkimusalueeseen, jotka kattavat laajasti aikamme keskeisimpiä haasteita kuten kestävyys, kaupungistuminen ja ilmastokriisi.

1. Ympäristöpolitiikan ja -hallinnan alla tutkitaan ympäristöpoliittisten prosessien luonnetta, ympäristöpoliittista toimijuutta ja ympäristökonfliktien dynamiikkaa.  
2. Luontopolitiikan tutkimuksessa analysoidaan ei-inhimillisen luonnon materiaalista ja diskursiivista roolia kestävän politiikan luomisessa ja toteuttamisessa. Tutkimus paneutuu myös poliittisen päätöksenteon yhteistyöprosesseihin ja käytäntöihin. 
3. Kaupunkitutkimus keskittyy ekologisesti, sosiaalisesti ja taloudellisesti kestävän kaupungistumisen kysymyksiin. Tutkimuksessa analysoidaan mm. asiantuntijoiden ja kansalaisten roolia, maankäytön ja kaavoituksen politiikkaa, osallisuuden ja vaikuttamisen kysymyksiä sekä kiertotalouden, kestävien energiaratkaisujen ja täydennysrakentamisen edellytyksiä.