Jätevesiseuranta on noussut uudeksi epidemiatyökaluksi tartuntatautien seurannassa, koska sen avulla voidaan havaita väestötasolla tapahtuvia muutoksia. Uuden sukupolven sekvensointitekniikoiden nopea kehittyminen on laskenut sekvensoinnin kustannuksia, mikä puolestaan tukee projekteja, joissa tutkitaan näytteen kaikki geneettinen materiaali (metagenomit).
Tässä hankkeessa tutkimme jäteveden metagenomia, koska sen avulla saamme luotettavan kuvan väestön terveyteen vaikuttavista tekijöistä viemäriverkoston alueella. Arvioimme jäteveden geneettisten tekijöiden ja paikkakuntakohtaisten terveystietojen välisiä tilastollisia riippuvuuksia.
Käytämme näiden geneettisten tautiriski-indikaattorien tunnistamiseen bioinformatiikan ja datatieteen menetelmiä, esimerkiksi koneoppimista. Lisäksi tutkimus tuottaa kustannustehokkaan menetelmän infektioepidemiologisen terveystiedon tuottamiselle ja väestön terveystutkimukselle.
Tutkimusrahoitus
Projektiin kuuluvat henkilöt
Sami Oikarinen
yliopistotutkijaYhteistyötahot
Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL)
Tarja Pitkänen (projektivetäjä, THL), Karavaeva Anastasia (THL), Elisa Salmivirta (THL), Mikko Määttä (THL), Kristiina Valkama (THL), Aleksi Kolehmainen (THL), Tuija Leino (THL), Oskari Luomala (THL), Aki Havulinna (THL), Ida Holopainen (THL)
Yhteyshenkilöt
Kirsi-Maarit Lehto
projektipäällikkö
Kirsi-Maarit Lehto