Aggressiivisille aivokasvaimille kehitetään immuuniterapiaa
Kirsi Granberg käynnistää tutkimushankkeen, jonka tavoitteena on löytää uusia keinoja aivokasvainten hoitoon.Tutkimuksessa käytetään maailmanlaajuisesti ainutlaatuista yhdistelmää, jossa kokeellinen ja lakennallinen tutkimus yhdistyvät tiiviisti potilasnäytteiden analysointiin ja kliiniseen lääketieteeseen.
Perinteinen immuuniterapia ei aina tehoa aivokasvaimiin
Kasvainten hoidossa yleensä käytetyt immuuniterapiat eivät tyypillisesti tehoa aivokasvaimiin, koska aivojen ja aivokasvainten immunologia eroaa merkittävästi muista kudoksista.
– Tässä projektissa analysoimme moninaisia molekyylitason piirteitä ja solutyyppejä diffuuseista aivokasvaimista sekä käytämme laskennallista analyysia ennustamaan, mitkä säätelijät saavat immuunivasteen heikkenemisen aikaan. Projektin tulokset auttavat kehittämään parempia immuuniterapioita aivokasvaimista kärsiville sekä löytämään markkereita, joiden avulla menestyksekkäät immuuniterapiat voidaan kohdentaa paremmin, Granberg kertoo.
Tutkimuksen kohteina ovat diffuuseiksi glioomiksi kutsutut aivokasvaimet, joihin kuuluva glioblastooma (GBM) on heikon ennusteen aggressiivinen syöpätyyppi ilman toimivaa hoitoa.
– Olemme aikaisemmissa tutkimuksissa osoittaneet, että̈ glioblastoomaksi kutsuttua aggressiivista glioomaa sairastavien potilaiden välillä on vaihtelua kasvaimen immuuniympäristössä ja tavoissa tuottaa immuunisuppressiota eli puolustusjärjestelmän toimimattomuutta.
Glioomapotilaiden kasvainkudokset ryhmittäytyivät immuunisuppression tyypin perusteella kolmeen alaryhmään: negatiiviseen, humoraaliseen ja sellulaarisen kaltaiseen.
– Selvittämällä miten puolustusjärjestelmän hiljentäminen ja toimimattomuus saadaan eri kasvaimissa aikaan, voimme personoida immuuniterapioita ja tuottaa parempia hoitovasteita.
Monitieteisiä keinoja hoitojen parantamiseksi
Projektissa käytetään sekä kokeellisia että laskennallisia menetelmiä immuunisuppression selvittämiseen diffuuseissa glioomissa.
– Määritämme, mitkä proteiinit välittävät solujen välistä vuorovaikutusta, mitä immuunisoluja kasvaimessa on ja missä tilassa nämä solut ovat. Hyödynnämme potilaista kerättyjä kasvainnäytteitä sekä nykyaikaisia genomin, transkriptomin ja proteomin mittaustekniikoita. Monet mittauksista tehdään yksisolutasolla, kuten yksisolusekvensoimalla, johon yhdistetään yksisolutason proteiinimittauksia, Kirsi Granberg kertoo.
Laskennallista data-analyysiä, mukaan lukien dekonvoluutiota ja koneoppimista, käytetään tärkeiden säätelyjärjestelmien tunnistamiseksi ja mittaamiseksi isoista näytejoukoista.
– Lopputuloksena saamme paremman kuvan siitä, miten puolustusjärjestelmä hiljennetään eri potilailla, ja tunnistamme immuunisuppressiota ajavia tekijöitä, joita validoimme myöhemmin kokeellisesti.
Projekti on monitieteinen ja haastava mutta Granbergin mukaan toteuttamiskelpoinen hanke, joka tuottaa ainutlaatuista tietoa potilaiden diagnostiikka- ja hoitokäytäntöjen parantamiseksi.
Tampereen yliopistossa yliopistonlehtorina työskentelevä Kirsi Granberg on Finnish Brain Tumor Research Associationin (FiBTRA) puheenjohtaja ja Scandinavian Society of Neuro-Oncologyn (SNOG) presidentti. Hän vetää kokeellisen aivokasvaintutkimuksen tiimiä Matti Nykterin Laskennallisen biologian ryhmässä, joka on osa Suomen Akatemian Kasvaingenetiikan huippuyksikköä. Nyt käynnistyvä tutkimus tehdään yhteistyössä yliopiston, Fimlabin ja TAYSin kliinisten tutkijoiden sekä kansainvälisten tutkijoiden kanssa.
