Tutkimusinfrastruktuuri

Histologian palvelut

Tampereen yliopisto

Lääketieteen ja terveysteknologian tiedekunta

Kaupin kampus

Arvo Ylpön katu 34, 33520 Tampere

Palveluhaku

Tutkimushaku

Tilat ovat esteettömät

MET core-tilat ja palvelut

Johdanto

Histologian palvelutilat (HF= Histology Facility) sijaitsevat Arvo-rakennuksessa, 3. kerroksessa (E-siipi, laboratoriot ja mikroskooppitilat). Tutkijat voivat käyttää laboratoriolaitteita ja mikroskooppeja itse (HF:n laboratorioteknikkojen opastuksella) tai tiedustella HF:n henkilökunnan suorittamaa palvelua. Teknikkomme auttavat sinua teknisissä kysymyksissä ja voivat suorittaa kudoskäsittelyn, värjäyksen ja analyysin aina kun se on mahdollista. HF kannustaa käyttämään digitaalista mikroskooppia ja koko näytelasin skannausta aineiston luomiseksi kvantitatiivista tieteellistä analyysia varten.

GeoMx-järjestelmä

KIITOKSET

Kaikkien Histologian (HF) palveluiden käyttäjien tulee mainita se julkaisuissaan:

“Kirjoittajat kiittävät palveluistaan Tampereen Histologian (HF) palveluita".

MET core-tilat ja palvelut

Kudosteknologiat:

Kudoksen preparointi

HF:llä on kaksi kudosprosessoria kiinteiden kudosnäytteiden parafiinilblokkien valmistamiseen. Sekä formaliini- että Paxgene-fiksattuja kudoksia voidaan valmistaa.

HF:llä on useita pyörö- ja liukuleikkaavia mikrotomeja parafiiniblokkien leikkaamiseen (leikkeen paksuutta voidaan säätää 2-6 mikrometriin). Pakastettujen leikkeiden leikkaamiseen on saatavilla useita Leica- ja Microm-kryomikrotomeja.

Viljeltyjen solujen preparointi

Soluviljelmät, jotka ovat suspensiossa, voidaan valmistaa leikattaviksi kudosblokeiksi käyttäen trombiinikoagulaatiotekniikkaa. Vaihtoehtoisesti voidaan käyttää Sakura Cytocentrifugea soluobjektilasien valmistamiseen IHC- ja IF-värjäystä varten.

Kudosten värjäys

HF:llä on kaksi Kedee-värjäyslaitetta automaattiseen hematoksyliini-eosiini-värjäykseen ja muihin rutiinivärjäyksiin. Peitinlasi voidaan asettaa automaattisesti käyttäen DAKO-peitinlasinlaittajaa.

Immunohistokemia

HF:llä on kaksi Ventana BenchMark - ja kolme LabVision -automaattivärjäyslaitetta automaattiseen immunohistokemiaan. Antigeenin saaminen esille voidaan tehdä PT-moduulilla, Retriever 2100:lla tai mikroaaltouunilla käyttäen pH6- tai pH9-puskureita.

Immunofluoresenssi

Immunofluoresenssivärjäys voidaan tehdä automaattisesti käyttäen LabVision Autostaineria tai manuaalisesti käyttäen erilaisia värjäystelineitä. Näistä JL-Stainer sopii hyvin 1-10 IF-lasin värjäykseen.

In situ -hybridisaatio

In situ -hybridisaatiota varten HF:llä on täysin automatisoitu PathCom-värjäyslaite, jossa on sisäänrakennettu parafiinin poisto, antigeenin palauttaminen sekä proteolyyttinen hajotus. PathCom-laite mahdollistaa IHC:n, mRNA in situ -hybridisaation ja DNA in situ -hybridisaation (sekä CISH että FISH -tekniikat). mRNA in situ -hybridisaatiota on tehty käyttäen RNAscope-protokollaa ja reagensseja.

Mikroarrayt kudoksille (TMA =Tissue microarray)

Kudosmikroarrayden parafiiniblokkeja voidaan valmistaa käyttäen 3D Histech TMA Master -järjestelmää. Järjestelmä mahdollistaa 0,6-2 mm halkaisijaltaan olevien kudoslieriöiden stanssauksen ja kokoamisen 1-2 TMA-blokkiin. TMA-blokkien leikkaus ja värjäys tehdään samoilla menetelmillä kuin perinteiset kudosnäytteet.

Valomikroskoopit

HF:llä on useita Olympus BX- ja Leica DM -mikroskooppeja, joita käytetään objektilasien tarkasteluun. Osa näistä on varustettu digitaalisilla kameroilla kuvausta varten.

Fluoresenssimikroskooppi

HF:llä on Zeiss Axioplan -mikroskooppi monivärisen fluoresenssikuvantamisen ja kuvien tallennuksen mahdollistamiseksi. Mikroskooppi on varustettu ApoTome-laitteella, joka mahdollistaa strukturoidun valaistuksen avulla terävien konfokaalityyppisten kuvien tuottamisen eri tasoilla paksustakin kudoksesta kaikilla aallonpituuksilla. Mikroskooppia käytetään AxioVision-ohjelmiston avulla.

DNA- ja RNA-eristys parafiiniblokeista

HF:llä on QIAGEN Qiacube -laite kudosleikkeiden DNA:n tai RNA:n eristämiseksi jäädytetyistä tai parafiiniblokeista. Parafiiniblokeista RNA:n eristämiseen suositellaan kudosten fiksausta PAXgene-menetelmällä.

Laser capture -mikrodissektio

Veritas Arcturus Laser Capture -järjestelmää voidaan käyttää solusaarekkeiden tai yksittäisten solujen eristämiseen soluviljelmistä ja jäädytetyistä kudosleikkeistä. Mikrodissektoitu materiaali voidaan tutkia molekyylibiologian menetelmillä (esim. PCR-pohjaisilla menetelmillä).

Virtuaalimikroskopia

Virtuaalimikroskopia tarkoittaa mikroskoopisten näytelasien digitoitujen versioiden taltiointia ja käsittelyä, jotka puolestaan tunnetaan yleisesti "virtuaalisina näytelaseina" tai "koko näytelasin kuvina (WSIs =whole-slide images)". Virtuaaliset näytelasit ovat koostekuvia, jotka koostuvat tuhansista korkearesoluutioisista digitaalisista mikrograafeista.

Virtuaalisten näytelasien skannausjärjestelmät

HF:llä on kaksi virtuaalisten näytelasien skanneria (SlideStrider, Jilab, Suomi), jotka mahdollistavat jopa 200 mikroskoopin näytelasin skannaamisen yhdellä kerralla. Vaihtoehtoisesti myös 2×3 tuuman makronäytelasien skannaaminen on mahdollista. Käyttäjä voi valita skannaustarkkuuden 0,31 um/pikseli (10X objektiivilla) ja 0,16 um/pikseli (20X objektiivilla). Skannaus öljyimmersion objektiivien kanssa on myös mahdollista.

Molemmat skannerit mahdollistavat skannauksen epifluoresenssivalaistuksella käyttäen sinistä, vihreää ja punaista emissiospektriä. Skannauksen tulosteena käytetään jpeg2000-kuvamuotoa. Virtuaalisen näytelasimateriaalin katseluohjelmiston voi ladata verkkosivuiltamme.

Virtuaalimikroskopian skannausjärjestelmä kuoppalevyille

Kuoppalevyjä voidaan skannata järjestelmällä, joka on asennettu käänteismikroskoopin (Olympus IX71) tai EVOS FL Auto -laitteen yhteyteen. Nämä järjestelmät mahdollistavat solujen skannaamisen Petri-maljoilta ja 24-96 kuoppalevyiltä. Perusvalaistusjärjestelmänä käytetään faasikontrastia, mutta fluoresoiva valaistus (moottoroidulla suodattimen vaihtajalla) on myös mahdollista.