Matti Javanainen
Oma esittely
Toimin apulaisprofessorina laskennallisen fysiikan laboratoriossa ja johdan BioInterfaces-tutkimusryhmää. Erikoisalaani on biologisten rajapintojen, kuten solua ja sen elimiä rajaavien kalvojen sekä keuhkorakkuloiden sisäpintaa reunustavien yksimolekyylikerrosten rakenteen ja dynamiikan tutkimus laskennallisin keinoin, pääosin molekyylidynamiikkasimulaatioiden avulla.
Tutkimuskohteet
Biologisten kalvojen rakenne ja dynamiikka, lipidien yksimolekyylikerrosten rakenne ja dynamiikka, keuhkokalvo, lipidi–proteiini-vuorovaikutukset, voimakenttien kehitys, metodien ja mallien kehitys
Tieteenalat
biofysiikka, fysikaalinen kemia, laskennallinen fysiikka
Uusimmat julkaisut
A comparison of lipid diffusive dynamics in monolayers and bilayers in the context of interleaflet coupling
Mandal, T., Brandt, N., Tempra, C., Javanainen, M., Fábián, B. & Chiantia, S., tammik. 2025, julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 1867, 1, 184388.Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Lipid Scrambling Pathways in the Sec61 Translocon Complex
Javanainen, M., Šimek, J., Tranter, D., O’Keefe, S., Karki, S., Biriukov, D., Šachl, R. & Paavilainen, V. O., 14 toukok. 2025, julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 147, 19, s. 15970-15984 15 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Protein Crowding and Cholesterol Increase Cell Membrane Viscosity in a Temperature Dependent Manner
Fábián, B., Vattulainen, I. & Javanainen, M., 9 toukok. 2023, julkaisussa: Journal of Chemical Theory and Computation. 19, 9, s. 2630-2643 14 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics
Souza, P. C. T., Alessandri, R., Barnoud, J., Thallmair, S., Faustino, I., Grünewald, F., Patmanidis, I., Abdizadeh, H., Bruininks, B. M. H., Wassenaar, T. A., Kroon, P. C., Melcr, J., Nieto, V., Corradi, V., Khan, H. M., Domański, J., Javanainen, M., Martinez-Seara, H., Reuter, N. & Best, R. B. & 6 muuta, , huhtik. 2021, julkaisussa: Nature Methods. 18, 4, s. 382-388 7 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Pulmonary Surfactant Lipid Reorganization Induced by the Adsorption of the Oligomeric Surfactant Protein B Complex
Liekkinen, J., Enkavi, G., Javanainen, M., Olmeda, B., Pérez-Gil, J. & Vattulainen, I., 2020, julkaisussa: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 432, 10, s. 3251-3268 18 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Rotational Diffusion of Membrane Proteins in Crowded Membranes
Javanainen, M., Ollila, O. H. S. & Martinez-Seara, H., 16 huhtik. 2020, julkaisussa: Journal of Physical Chemistry B. 124, 15, s. 2994-3001 8 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Understanding the Functional Properties of Lipid Heterogeneity in Pulmonary Surfactant Monolayers at the Atomistic Level
Liekkinen, J., de Santos Moreno, B., Paananen, R. O., Vattulainen, I., Monticelli, L., Bernardino de la Serna, J. & Javanainen, M., 16 marrask. 2020, julkaisussa: Frontiers in cell and developmental biology. 8, 16 Sivumäärä, 581016.Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Crystalline Wax Esters Regulate the Evaporation Resistance of Tear Film Lipid Layers Associated with Dry Eye Syndrome
Paananen, R. O., Javanainen, M., Holopainen, J. M. & Vattulainen, I., 25 kesäk. 2019, julkaisussa: Journal of Physical Chemistry Letters. 10, 14, s. 3893-3898 6 SivumääräTutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu
Multiscale Simulations of Biological Membranes: The Challenge To Understand Biological Phenomena in a Living Substance
Enkavi, G., Javanainen, M., Kulig, W., Róg, T. & Vattulainen, I., 8 toukok. 2019, julkaisussa: Chemical Reviews. 119, 9, s. 5607-5774 168 SivumääräTutkimustuotos: Katsausartikkeli › vertaisarvioitu
Reduced level of docosahexaenoic acid shifts GPCR neuroreceptors to less ordered membrane regions
Javanainen, M., Enkavi, G., Guixà-Gonzaléz, R., Kulig, W., Martinez-Seara, H., Levental, I. & Vattulainen, I., 1 toukok. 2019, julkaisussa: PLoS Computational Biology. 15, 5, e1007033.Tutkimustuotos: Artikkeli › Tieteellinen › vertaisarvioitu