Musiikintutkimuksen maisteriopinnot koostuvat tutkielmaopinnoista (60 op), tutkimus- ja asiantuntijataidot -opinnoista (20 op) sekä valinnaisista opinnoista (40 op). Ensimmäinen opintokokonaisuus alkaa orientoivalla tutkijaseminaarilla, jossa opiskelijat perehdytetään tutkielmaopintoihin ja pro gradu -tutkielman teon vaiheisiin. Siitä siirrytään musiikintutkimuksen tutkielmaseminaariin, jossa hyväksytään tutkimussuunnitelma ja käsitellään opiskelijoiden tutkielmaan liittyviä esseitä. Samalla syvennetään tutkimusalan tuntemusta. Pro gradu -tutkielman tulisi valmistua tutkielmaseminaarissa tai viimeistään seminaarin päättymisen jälkeisenä lukukautena. Toinen kokonaisuus eli tutkimus- ja asiantuntijataitoihin keskittyvät opinnot syventävät tieteellistä asiantuntijuutta musiikin- ja tanssintutkimuksen alueella. Tästä kokonaisuudesta menetelmä- ja teoriaopinnot kannattaa suorittaa maisteriopintojen alkuvaiheessa ja työelämäopinnot taas opintojen keski- tai loppuvaiheessa. Kolmas kokonaisuus muodostuu valinnaisista opinnoista. Tämän kokonaisuuden opinnot opiskelija voi koota vapaavalintaisesti. HOPSin laatimisen yhteydessä sovitaan, millaisista kokonaisuuksista vapaavalintaiset opinnot muodostuvat. Nämä opinnot tukevat maisteriopintoja parhaiten silloin, kun ne liittyvät tutkielman aihepiiriin tai opiskelijalle tärkeän asiantuntijuuden kehittämiseen.